本发明提供一种多源卫星遥感影像镶嵌方法、系统及存储介质，分别对原始高分辨率卫星遥感影像和原始中分辨率卫星遥感影像进行预处理，提取高分辨率卫星遥感影像和中分辨率卫星遥感影像的共同波段，以及对高分辨率卫星遥感影像进行降采样和对中分辨率卫星遥感影像进行超分辨率重建，将两者的分辨率进行统一，最后对相同分辨率的高分辨率卫星遥感影像和中分辨率卫星遥感影像进行镶嵌处理，生成镶嵌线，对影像中的目标进行识别。本发明结合降采样和超分辨率重建技术进行多源卫星遥感影像镶嵌，既一定程度地保留了高分辨率卫星影像的丰富空间信息和光谱特性，又以中分辨率卫星影像作为数据弥补，解决了高分辨率影像在行业应用中数据量不足的问题。