本发明属于基因组数据分析技术领域，具体涉及一种泛基因组的构建方法及其相应的结构变异挖掘方法，通过把基因组比较得到的结构变异放回线性基因组上，同时增加结构变异位点信息文件，构建一种形式上线性化，兼顾多种结构变异形式的高效分析的泛基因组；所述泛基因组不但可以捕获更多全新的，参考基因组未发现的结构变异，而且通过线性化方法结合变异位点信息文件，更好的展示了捕获到的结构变异，使构建的泛基因组更容易理解和分析，更有利于后续应用；本发明构建的泛基因组和二代测序数据进行基因组结构变异分析的方法和流程，并编写了完整的程序代码，实现了基于相对低成本的二代测序数据对结构变异的高效、精准挖掘。