本发明公开了一种快速、准确的加密流量分类方法及系统，该方法包括模型构建阶段1、模型构建阶段2以及分类阶段。模型构建阶段1包括：对流序列进行短序列预处理；对短序列训练数据进行模型构建，生成早期快速检测模型。模型构建阶段2包括：对流序列进行长序列预处理；对长序列训练数据进行模型构建，生成细粒度分类模型。根据模型构建阶段2生成的细粒度分类模型对不能早期分类的流进行精细化分类，并输出其预测标签。本发明使用较多的数据报文将不能早期分类的流进行精细化分类，在网络流量分类过程既保证了高精度的同时又极大的减少了所有流等待数据报文所花费的时间，因此，能够同时满足高速与高精度的分类需求。