本发明公开了功能性多层共挤出氟树脂复合薄膜及制备方法，属于飞艇蒙皮领域，具有多层结构，包括第一氟树脂层、第一粘结层、高阻隔层、第二粘结层、第二氟树脂层。本发明，防护层与阻隔层一体化的实现，使得氟树脂复合薄膜的功能性增强，降低了蒙皮材料的面密度，在保证具备飞艇蒙皮防护层与阻隔层作用的同时进一步优化，氟树脂复合薄膜具备低面密度、高强度、高阻隔、耐环境(高低温、紫外等)等，相对于传统的飞艇蒙皮制备，减少复合工序，降低了工艺控制难度，氟树脂复合薄膜相对于传统的防护层与阻隔层复合，结构更加稳定，层间粘结能力更高，多层共挤氟树脂复合膜填补了国内对多层共挤氟树脂薄膜流延工艺(双向拉伸工艺)的空白。