本申请公开微波加热制备复合薄膜的方法、复合薄膜及电子元器件，包括：对单晶晶圆执行离子注入处理，采用的注入离子为极性离子，获得包含余质层、极性注入层和薄膜层三层结构的单晶晶圆注入片；在与所述单晶晶圆预匹配的非同质衬底晶圆的其中一面制作绝缘层得到衬底晶圆；将所述单晶晶圆注入片与所述衬底晶圆的绝缘层键合，得到键合界面含有极性分子的键合体；对所述键合体使用微波发生器执行预设工艺参数的加热处理，直至所述极性注入层与所述薄膜层分离，得到剥离所述余质层后的单晶压电复合薄膜；所述预设工艺参数包括：加热所述键合体至预设温度，并保持预设时长。采用上述制备方法，避免复合薄膜某一层或整体断裂，降低复合薄膜的生产成本。