本发明涉及一种采集样本有效性检测方法、设备及存储介质。其中，所述采集样本有效性检测方法，所述方法包括：获取电子显微镜与放置样本的容器处于至少两个不同位置关系下的样本的细胞图像；对所述至少两个不同位置关系下的样本的细胞图像中的细胞进行计数；根据所述至少两个不同位置关系下的样本的细胞图像中的细胞数量，获得细胞总数量；判断所述细胞总数量是否符合预设条件，如果符合预设条件，判定样本有效；否则，判定样本无效。可以实现采集样本有效性的检测，当样本为核酸检测样本时，可以有效降低核酸检测结果为假阴性的发生。