本发明公开了一种水域探测系统中多光电智能跟踪方法，将现有的智能跟踪方案拆分成两部分：一通过中心站智能船只识别设备识别船只并提取特征向量A发送给光电跟踪控制器，通过智能识别算力分配算法，让智能识别算力尽可能支持更多光电设备；二光电平滑跟踪控制器接收视频信号，通过船只智能识别算法获得移动目标特征向量并与A向量进行匹配，触发KCF Tracker跟踪算法跟踪目标。通过两部分协同工作，减少光电设备长时间持续跟踪目标时产生的卡顿、延时，保证光电设备能够准确跟踪船只。