本发明公开了一种双边环线替换单边的物流运输方案优化方法及优化系统，优化方法首先根据给定的单边线路筛选条件，从运输任务管理系统中提取并筛选出满足筛选条件的单边线路集合，然后根据各单边线路以及拟替换单边线路的双边环线的基础数据，并以优化后运力有保障以及双边环线、未被替换的单边线路的开行数量为非负整数为约束条件，通过列生成算法求解所构建的物流运输方案优化问题，得到物流网络整体运输费用最小的物流运输方案。本发明通过构建物流运输方案优化问题并采用列生成算法求解得到物流网络整体运输费用最小的物流运输方案，确保了方案求解的高效性和求解结果的全面性。