本发明属于计量技术领域，涉及一种热电偶校准系统测量不确定度的确定方法，包括：1)选择热电偶S_a和S_b；2)将上述热电偶分别插入均温块内，反向串联形成热电偶校准系统；3)调整热电偶5个不同插入深度、均温块8个旋转角度，以及10个不同的测温点条件下，热电偶对应的温度差，并取算术平均值；4)测量均温块截面上插入热电偶的离轴孔的中心位置距均温块截面几何中心点的距离x；5)带入合成不确定度公式得到结果。本发明能实现特定条件下，热电偶检定结果的不确定度的量化计算，从而确定热电偶校准结果的准确程度，扩展了热电偶校准过程中的条件限制，提升测量结果的应用价值。