本发明公开了一种壳聚糖‑羧甲基纤维素固定化酶的制备方法，其包括以下步骤：分别配置壳聚糖醋酸溶液和羧甲基纤维素溶液，将两种溶液混合形成混合溶液，配置木瓜蛋白酶溶液，以及在液体石蜡、石油醚中加入乳化剂形成油相预混液，然后在搅拌条件下，将混合溶液通过多孔膜压入油相预混液中，重复步骤⑥1h，⑦降温固化壳聚糖‑羧甲基纤维素微球，将微球洗涤后真空冻干，在将冻干的壳聚糖‑羧甲基纤维素微球加入浓度为木瓜蛋白酶溶液中，震荡吸附，再加入戊二醛溶液交联，后洗去多余的戊二醛溶液，干燥后得到壳聚糖‑羧甲基纤维素微球固定化木瓜蛋白酶。本发明制得的壳聚糖‑羧甲基纤维素微球固定化木瓜蛋白酶，微球孔隙多可负载更多的木瓜蛋白酶。