本发明涉及喷水推进器的故障诊断领域，特别涉及一种船用喷水推进器故障诊断系统。本发明提供的故障诊断系统包括性能运行参数检测和机械状态参数检测，其中性能运行参数检测包括三相电测量模块、压力测量模块、流量测量模块和转速测量模块，机械状态参数检测包括振动测量模块、噪声测量模块、位移测量模块和温度测量模块，且每个模块由电源模块供电。喷水推进器经故障诊断系统检测相关参数，并对相关参数进行信号特征量采集，经故障识别模式进行数据分析产出决策，对喷水推进器进行干预。该故障诊断系统能快速有效地识别喷水推进器在运行过程中出现的问题，并产生相应的决策，以防出现安全等事故。