本发明涉及半导体集成电路技术领域，具体公开了一种全局配置编程方法、装置及系统，其中，编程方法包括以下步骤：获取所有配置位地址信息；根据所述配置位地址信息生成读指令信息；根据所述读指令信息读取所有所述cfg锁存器中的配置位信息，并将所有所述配置位信息写入sram中，以使控制器根据所述sram中的配置位信息生成编程信息，所述编程信息用于对所述闪存芯片中的cfg寄存器进行编程；该编程方法与传统的一读一写编程过程相比，将多个读取命令整合为一个一次性的读指令信息，简化了配置位信息写入逻辑，并有效提高了配置位信息的读写效率。