本申请涉及一种基于特征统计分析的水电机组健康评价方法和系统，其中，该方法包括：通过获取评价项目中每个关联测点的样本数据，通过主成分分析法确定水电机部件中每个评价项目的新样本变量；计算样本数据中原样本变量的特征值和特征向量，并得到新样本变量对应的主成分特征值和载荷矩阵；根据特征值、特征向量、主成分特征值和载荷矩阵，计算得到评价项目的项目健康指数；通过层次分析法确定评价项目在水电机部件中的权重系数，进而计算得到水电机部件的部件健康指数，通过本申请，解决了水电机组的健康状态评测效果差的问题，实现了下至关联测点上至水电机组设备的故障原因判明，准确掌握水电机组的健康状态，提前对故障进行预防。