本发明公开了一种圆红冬孢酵母制备生物柴油的方法，将圆红冬孢酵母、甲醇和酸性离子液体催化剂放入密闭的反应釜中，反应釜在惰性氛围下加热，酵母细胞壁被酸性离子液体破坏，其中的油脂溢出后在H⁺催化作用下与甲醇发生酯交换反应生成脂肪酸甲酯（生物柴油）。与传统工艺相比，本发明通过热化学法配合使用酸性离子液体催化剂制备生物柴油，反应条件温和，催化剂对破壁和酯交换均起到了催化作用，一步实现了破壁和酯交换两个过程；反应结束后生物柴油与酵母细胞壁分离简单，酵母细胞壁回收后可用作饲料等其他用途；使用的酸性离子液体催化剂可回收重复使用，且安全无污染，是圆红冬孢酵母制备生物柴油的环保高效方法。