本发明涉及一种基于区域相似度的传染病趋势预测方法和系统，方法包括以下步骤：基于给定区域，得到三元组训练样本集；以三元组训练样本集为输入，对预先构建的基于三元组对比学习的图卷积神经网络模型进行训练；基于查询区域和搜索区域以及基于三元组对比学习的图卷积神经网络模型，对区域相似度进行预测，得到搜索区域中与查询区域最相似的区域，用于传染病传播趋势预测。本发明提出的基于三元组对比学习的区域相似性学习神经网络，能够捕获区域中POI的重要性和唯一性以及POI之间的非欧式关系，能够广泛应用于区域相似度学习领域。