本申请涉及一种城市流感发病趋势预测方法、系统、终端以及存储介质。方法包括：获取城市内流感病例数据，并收集城市内个体移动轨迹数据；通过数据驱动方法对个体移动轨迹数据进行处理，获取人口移动关系；基于人口移动关系，利用图神经网络提取流感病例数据的空间尺度信息，并利用长短期记忆网络提取流感病例数据的时间序列关系；根据流感病例数据的空间尺度信息和时间序列关系得到流感城市流感发病趋势预测结果。本申请实施例实现了城市内部流感发展态势更高空间分辨率的预测，完成对流感的精细化分析，帮助政府和公共卫生部门及时、准确地洞察城市内部的流感发展态势，有针对性地进行疫情防控干预，可以最大化的保障人民的生命健康安全。