本发明涉及一种基于生物微胶囊的高效黑臭水体黑臭底泥修复剂，其特点是包括胶囊、生物微胶囊和多孔材料，生物微胶囊负载于多孔材料中形成多孔功能材料，胶囊与多孔功能材料发生交联反应形成基于生物微胶囊的高效黑臭水体黑臭底泥修复剂；其制备方法啊步骤包括步骤一，胶囊的制备；步骤二，生物微胶囊的制备；步骤三，多孔功能材料的制备；步骤四，基于生物微胶囊的高效黑臭水体黑臭底泥修复剂的制备；其优点是不容易堵塞，微生物在恶劣的环境下可以长期存活，作用时间长，高效持久，有效的降低水体中的COD、总磷量及氨氮浓度，底泥中的硫化物和氨氮浓度，长期对水体生态恢复具有积极作用，且净化效率高，与水体的解除面积大。