本发明公开了一种基于一级谱图与深度学习的色谱保留时间对齐方法。本方法为：1)提取每个样本中各质谱文件的离子流色谱峰；2)任选一个样本作为参考样本，根据其它样本每一保留时间窗口内的离子流色谱峰与参考样本的平均保留时间偏差，对对应样本的离子流色谱峰进行校正；3)根据两校正后的待对齐样本的离子流色谱峰的保留时间信息和强度信息，构建特征向量；4)根据已有的鉴定结果对所述特征向量进行标注；5)用标注好的特征向量训练深度学习分类模型；6)对于两待对齐的质谱数据，构建该两待对齐的质谱数据对应的特征向量并将其输入到训练好的分类模型进行对齐。本发明能够根据一级谱信息给出对齐结果，有助于微量化合物的分析。