本发明公开的一种自适应波束生成方法及系统，该方法是基于干扰矩阵估计的特征投影新方法，解决自适应波束形成技术中目标导向矢量失配引起的输出信干噪比下降问题。实现过程为：利用阵列雷达采集的训练数据计算采样协方差矩阵；借助目标阻塞矩阵和矩阵特征变换重构干扰矩阵；从采样协方差矩阵剔除干扰矩阵估计目标协方差矩阵；特征分解目标协方差矩阵获得信号子空间投影算子，完成对目标先验导向矢量的特征投影；最后利用干扰矩阵和目标导向矢量计算权矢量，实现波束形成。本发明在波达角和阵列校准误差同时存在时，提高了波束形成器的输出性能，可以适用于强/弱目标场景。