本发明公开了一种生物酶制备系统，包括机体，所述机体内开设有离心腔，所述离心腔内设有用于离心的分液机构离心装置，所述离心腔的下侧开设有分装腔，所述分装腔的左右两侧均为开口设置，所述分装腔内设有分装机构分装装置，所述分装机构分装装置用于将分离出的生物酶分装到分装瓶分装瓶内，所述机体的左侧面上设有用于清洗机构；本发明采用离心腔和分装装置一体的方式，使离心后的生物酶溶液直接经过仪器内部的输料管运送至分装装置中，减小了运送过程中细菌污染的风险；并且在离心分装结束后采用循环清洗的方式，使清洗液在清洗管道一、离心腔、分装连接管一、喷嘴固定板、分装喷嘴和喷嘴清洗套中多次循环后再排出，减少了清洗液的浪费。