一种区域综合能源系统的优化调度仿真方法及系统，包括：获取区域综合能源系统的参数；将区域综合能源系统的参数上限和下限分别作为预先构建的最优子模型和最劣子模型的输入，采用二阶段分解法进行求解，分别得到区域综合能源系统的最优用能效率和最劣用能效率；基于所述最优用能效率和所述最劣用能效率构建最优值取值区间，由最优值取值区间的数值对应的各设备的运行参数构成优化调度方案，并采用优化调度方案进行调度；其中，优化模型以用能效率最大为目标构建的目标函数，以及为目标函数设置的约束条件构建而成。本发明采用二阶段分解法求解最优子模型和最劣子模块，考虑了分布式电源及负荷的不确定性，得到的优化方案更合理。