本发明公开了一种含能材料驱动芯片自毁控制机构系统及其实现方法。本发明采用含能装药机构连接至自毁驱动电极，自毁驱动电极连接至自毁控制电路；自毁驱动电极包括底层电极、中间层电极和顶层电极，中间层电极与顶层电极之间有空腔，底层电极和中间层电极分别连接至自毁控制电路的两个独立的电源，顶层电极连接至含能装药机构的含能材料，含能材料正对核心电子芯片；自毁控制电路通过自毁驱动电极驱动含能材料处于物理隔离状态或执行自毁；并且，在取消自毁时，含能材料能够重新回到物理隔离状态，从而实现可恢复；在受到外环境干扰时，能够有效防止干扰信号对安全性的影响，通过安全控制逻辑提高系统应用的安全性。