本发明公开了一种生物样品的数字显微成像系统，包括：数字显微镜，照明模块，对焦机构，其特征在于还包括自动对焦计算单元，控制对焦机构，使得样品面与数字显微镜物方焦面之间的距离d调整到指定范围内后，数字显微镜获取样品的显微数字图像，其中n代表物方折射率，λ代表照明波长，NA代表所述数字显微镜的物镜的数值孔径。所述显微成像系统可以实现对不经过真实染色的透明或半透明样品的直接成像；可以解决传统镜检方法中样品染色带来的局限性，简化镜检步骤、缩短镜检时间。同时，系统操作简单，更符合病理学家、生物学家等的使用习惯。