本发明提供一种药品分拣方法及系统，包括：步骤S1，将各药品订单加入一第一集合；步骤S2，将总药品体积不大于体积上限的药品订单加入一第二集合；步骤S3，根据第二集合中的各药品订单之间的相似度提取由第二集合中选取药品订单加入一第三集合；步骤S4，生成一拣货明细；分拣员根据拣货明细进行药品分拣，以将第三集合中的各药品订单中包含的药品放置到绑定的分拣格内；步骤S5，将第三集合中的各药品订单由第一集合中剔除以对第一集合进行更新，并判断更新后的第一集合是否为空集合：若是，则返回步骤S1；若否，则返回步骤S2。有益效果是分拣员在一次分拣作业时，可分拣多个药品订单，提高了拣货效率。