本申请涉及一种往复式分拣系统与分拣方法，其中该系统包括运载平台和上位机；运载平台用于沿预设的运输轨道往复运动；运载平台上设置有控制器和两个以上的用于搭载货物的执行机构，执行机构之间相互独立控制；控制器与上位机通信连接；上位机用于获取货物的卸货口位置信息和搭载货物的执行机构信息，并将卸货口位置信息和执行机构信息一一对应，发送给控制器；控制器用于控制各个执行机构，将各自所搭载的货物传输至卸货口位置。该分拣系统的分拣过程为多个执行机构并行运输和卸货，根据执行机构与卸货口位置的对应关系，控制各执行机构在对应的卸货口位置完成独立卸货，从运输和卸货两方面提高了往复式分拣系统的分拣效率。