本发明提供一种晶圆清洗系统，包括晶圆清洗装置，包括用于清洗晶圆的刷头，所述晶圆清洗装置带动所述刷头旋转对所述晶圆进行清洗；晶圆承载装置，设于所述晶圆清洗装置下方，用于承载所述晶圆，并带动所述晶圆沿所述刷头的旋转方向反向旋转；安全腔，包覆于所述晶圆承载装置四周，且所述安全腔顶部设有供所述晶圆清洗装置伸入该安全腔的开口，用于防止晶圆清洗过程中液体飞溅。采用本发明的晶圆清洗系统可在采用普通电机的情况下，也可提高一倍的相对转速，有效提高清洁效率，提高清洁效果，适应性好，具有广泛的应用范围，同时，通过安全腔的设置，可有效防止液体飞溅，并起到保护作用，提高安全性。