本发明公开了一种利用有机酸制备半乳甘露低聚糖的方法，属于低聚糖提取技术领域。该方法以马来酸溶液或柠檬酸溶液为提取溶剂，以田菁种子为原料，在油浴条件下制备半乳甘露低聚糖。该方法中以柠檬酸溶液为提取溶剂时半乳甘露低聚糖得率可达61.61％，以马来酸溶液为提取溶剂半乳甘露低聚糖得率可达47.68％，而且半乳甘露低聚糖的生物活性较高。该方法用时短、效率高、安全性强，同时得到的半乳甘露低聚糖的免疫活性较高。从而实现低分子量半乳甘露聚糖的工业化生产，提高其附加值，降低半乳甘露低聚糖的生产成本，具有非常好的应用前景。