本发明公开了一种近海小目标探测系统及方法，所述系统包括：海岸雷达组网、海底节点组网、AIS信息管理中心、多源信息融合处理机、数据管理中心与显示交互中心；所述海岸雷达组网用于获取目标信息；所述海底节点组用于获取水声信号和海底地震信号；所述AIS信息管理中心用于对已安装AIS设备的船只进行信息识别；所述多源信息融合处理机用于对接收到的信息进行预处理，并对目标进行定位、轨迹融合与轨迹预测；所述数据管理中心用于通过数据库存储上传的数据；所述显示交互中心用于进行信息显示。本发明通过近海小目标探测系统可大范围进行目标轨迹跟踪预测，可以有效提高目标轨迹的跟踪质量，提高目标探测的准确性。