本申请公开了一种时间戳脉冲同步方法，属于可编程逻辑器件技术领域。通过采样输入至报文发送端的第一时间戳脉冲信号至源时钟，第一时间戳脉冲信号用于在所述报文发送端的报文数据传输过程中指示报文头位置；采样输入至报文接收端的第二时间戳脉冲信号至源时钟，第二时间戳脉冲信号用于在所述报文接收端的报文数据传输过程中指示基准点位置；在源时钟内生成格雷码，源时钟为生成所述第一时间戳脉冲信号与第二时间戳脉冲信号的时钟；同步第一时间戳脉冲信号、第二时间戳脉冲信号以及格雷码至用户时钟。解决了现有的时间戳同步技术导致的占空比差、精度低的问题，实现了在可编程逻辑器件中的时间戳脉冲信号同步中获得高精度。