本发明公开了一种基于微流控和化学免疫发光的真菌毒素检测系统及方法，包括微流控芯片、光子计数模块、加样模块、控制检测模块、暗箱和恒温恒湿箱，微流控芯片设置在暗箱内，暗箱设置在恒温恒湿箱内，加样模块通过导管与微流控芯片连接，微流控芯片的信号输出端与光子计数模块的信号输入端连接，光子计数模块的信号输出端与控制检测模块的信号输入端连接。本发明将免疫反应和反应产物的分离在微米量级的微流控芯片上实现，是一种超微量分析技术，大大降低试剂的消耗量，微降低成本提供了可能，而且系统高度微型化、集成化，为现场检测粮食真菌毒素提供一条新方法。