本发明提出了基于潜在关系预测的双仿射重叠关系抽取方法和系统，该方法包括：将用于重叠关系抽取的句子预处理为索引形式；将句子中单词转换为索引后的长度生成三维目标矩阵；通过对句子中每个词与其自身、前面和后面的每个词均进行握手配对以标记三维目标矩阵；将索引形式的句子和标记后的三维目标矩阵输入至Bert模型进行训练得到含有潜在关系的隐藏层向量；对隐藏层向量进行线性变换得到与三维目标矩阵具有相同形状的矩阵；训练完成并验证后得到最终模型；采用最终模型实现双仿射重叠关系抽取，基于该方法，还提出抽取系统。本发明通过潜在的关系预测和双仿射变换，能够有效利用句子中潜在的关系去提取出每个关系对应的实体。