本发明提供一种微纳米复合结构的制作方法，包括如下步骤：提供第一支撑件，在第一支撑件上形成塑形层，塑形层的形状可变；在塑形层上层叠设置分隔层，分隔层形成有第一通孔；在分隔层上层叠设置纳米模板，纳米模板包括第一基层和多个纳米柱，且纳米模板与分隔层相接触，多个纳米柱的尺寸小于第一通孔的尺寸；在纳米模板上层叠设置第二支撑件，挤压第一支撑件和/或第二支撑件，以使得塑形层至少部分自第一通孔进入分隔层，且与第一基层接触，纳米柱在塑形层上形成第一凹槽，以使塑形层形成微纳米复合结构，本制作方法通过挤压一次形成微纳米复合结构，其加工简单，难度系数小，适合应用在工业生产中。