本申请实施例公开了一种光谱共焦多峰值提取方法、模块、计算机设备及存储介质。该方法包括：对采集到的光谱信号分别进行频域滤波和空域滤波，对应得到频域滤波信号和空域滤波信号；对所述频域滤波信号运用对称零面积法处理，得到对称零面积差分信号；根据所述对称零面积差分信号和所述空域滤波信号，筛选出所述空域滤波信号内的目标区域；利用加权质心法对每个所述目标区域进行峰值提取，得到由每个所述目标区域对应的峰值构成的峰值集合；从所述峰值集合中筛选出需要的多个峰值。该光谱共焦多峰值提取方法能够精确地实现光谱共焦多峰值提取，而且对低平滑度的信号具有较好的适应性。