本发明公开了一种在水生态系统中沉积物重金属的风险评价方法，包括以下步骤：S1：将水生态系统划分成若干检测区域，并将检测区域进行编号，采集不同检测区域内水生态系统中的底泥、植物样本以及动物样本作为环境样品；S2：所述S1中所采集的环境样品进行分开烘干，按照编号进行储存；S3：将每个检测区域内的烘干后的环境样品利用研磨设备进行研磨，得到粉末状的环境样品，然后粉末状的环境样品利用筛网进行过筛处理；S4：将多个过筛后的环境样品分别取出1‑2g，分开盛放，加入等量的消解液，浸泡2‑4h；本发明的方法将水生态系统积物中的重金属含量进行检测，便于对重金属环境生态毒性风险程度进行全面准确判断，可为水生态系统管理服务。