本发明公开了一种发电机组用智能均衡时间控制系统，包括多台柴油发电机组，每台柴油发电机组均连接有与其对应的输出柜及控制系统，输出柜的输出端连接至用户负载，所述控制系统包括单片机总控，所述单片机总控设有多机通讯接口，所述单片机总控连接有数据采集单元、运行时间检测单元及操作面板，所述单片机总控还连接有发电机控制单元、输出柜控制单元、显示单元及故障报警单元，本发明还公开了该智能均衡时间控制系统的控制方法。本发明可使多台柴油发电机组的运行时间尽量统一，便于后期的维护保养，同时节省人力，可避免人为操作的不准确性。