本发明提供一种离子阱质谱仪的离子隔离方法、系统及介质，涉及质量分析技术领域，包括：离子引入步骤：打开离子阱的离子门，将质谱仪的后端盖置于预设电位，捕捉离子；离子囚禁步骤：关闭离子门，捕捉的离子稳定在离子阱中心区域；离子隔离步骤：根据正电压所占DDS数量和/或隔离时间，获取母离子质荷比m/z、隔离质量数范围以及母离子隔离效率值中的任一种或任多种；隔离冷却步骤：将离子置于预设值处，根据预设隔离冷却时间对离子进行冷却；离子清空步骤：在离子阱电极上施加预设占空比，完成离子清空。本发明硬件要求低，通过调节数字矩形波主射频的占空比，就可在离子阱中产生等效的“四极直流”，无需额外高精度高稳定性的硬件直流电路。