本发明公开了一种水电站设备故障诊断方法，包括以下步骤：S1：利用水电站监测系统的传感器采集水电站设备的基础监测数据，并对基础监测数据进行剔除，得到有效监测数据；S2：构建水电站设备的故障诊断模型；S3：将有效监测数据输入至故障诊断模型中进行分析，得到设备故障诊断结果。该故障诊断方法利用故障诊断模型对水电站设备进行结果分析，可以解决专家经验主管因素较重以及模型构建不准确的问题，通过模型评分和故障节点筛选保证了所建立模型的准确性和模型的实际运用能力，为水电站管理人员进行检修提供较高的参考价值。