本发明公开了一种基于生成对抗网络的胃病变分割方法及系统，方法包括：将胃镜病变图片样本输入至分割网络，得出病变区域的分割预测图像；其中，分割网络基于U‑Net包括编码器、扩张卷积模块和解码器；以胃镜病变图片样本与分割预测图像拼接形成的四通道张量以及胃镜图片与人工标注图片拼接形成的四通道张量作为判别网络的两组输入，以对两组输入分别为分割预测图像还是人工标注图片的真假判断作为输出，以博弈方式交替对分割网络和判别网络进行生成对抗网络训练至平衡状态；将所要分割的胃镜图片输入完成训练的分割网络，得到胃病变分割图像。通过本发明的技术方案，避免了随着网络的加深而导致梯度逐渐消失，提高了分割准确率和精度。