本发明公开了基于堆叠自编码神经网络的轴承健康状态识别方法及系统，属于基于神经网络的特征识别技术领域，要解决的技术问题为如何准确及时的识别发动机轴承健康状态。包括如下步骤：获取各类损伤的轴承振动信号，对轴承振动信号进行数据清洗和完整性补充；通过时域‑频域统计分析方法进行特征提取；通过在基础堆叠自编码网络中增加分类器、并在神经元中添加稀疏惩罚项的方式构建深度堆叠自编码网络，并在对应损失函数中添加额外的惩罚项，在稀疏惩罚约束条件下训练网络，并通过粒子群优化算法进行超参数优化；通过所述最终深度堆叠自编码网络对所述待识别振动信号浅层特征进行无监督学习，得到轴承健康状态。