本发明公开了一种脑区影像配准的方法和系统，所述脑区影像配准的方法为：获取患者的同一模态下的多个三维脑区图像，包括注入造影剂之前和注入造影剂之后的多个不同时间点的序列图像，分别任意选取一张注入造影剂之前和注入造影剂之后的三维脑区图像作为第一脑区图像O与第二脑区图像I，基于第一脑区图像O对第二脑区图像I进行强度配准，得到第三脑区图像M，对第三脑区图像M进行几何形变配准，得到配准后的脑区图像。本发明能够有效避免在检查过程中不同时间点的图像产生误对齐的情况，提高医学诊断的水平。并且，本发明对不同时间点的图像先进行强度配准，再进行几何形变配准，使得脑区影像配准的准确率更高。