本发明涉及一种基于光泵磁强计测量脑磁的坏道自动识别方法，方法包括：基于光泵磁强计，获取待分析对象的原始多通道脑磁信号；将原始多通道脑磁信号变换到频域，并计算变换到频域后的多通道脑磁信号的功率谱密度；采用遍历方式，对每个通道脑磁数据的功率谱密度在指定频段内求平均值，并对平均值取对数，获得所有通道的平均功率密度序列；采用箱线图方法对所述平均功率密度序列进行坏道识别，确定坏道占整体脑磁测量通道的比例；并采用孤立森林方法对原始多通道脑磁信号进行脑磁坏道的自动识别并处理，得到去除坏道的多通道脑磁信号。本发明的方法提高了识别的效率，实现坏道识别的自动化处理。