本发明提供一种应用于电池模组的均衡管理系统及其控制方法，包括主控制器和数据采集模块，还包括N个第一开关和N个第二开关，所述第一开关和所述单体电池一一对应串联成组，形成串联结构，所述第二开关与所述串联结构一一对应并联，所述N个第一开关和N个第二开关均与所述主控制器连接；所述电池模组进行充电或放电时，N个所述第一开关均闭合，N个所述第二开关均断开，当所述主控制器检测到有单体电池达到极限电压，则控制该节单体电池对应的所述第一开关断开，并控制该节单体电池对应的所述第二开关闭合，将该节单体电池退出充电回路或放电回路。本发明不会额外占用单体电池的充放电循环次数，实现无损均衡的目的。