本发明提供了一种省域级1：50万三维地质建模方法与系统，本发明提出了完整可行的省域级1：50万海拔‑2500米以浅的三维地质建模流程，基于省域1：50万纵向建模地层单元、钻井数据以及基础地质图，推深在海拔‑2500以浅、间隔10Km的交叉剖面，通过系列交叉剖面覆盖省域范围地质建模区域；采用拟断层分块法，基于断层系统，在遵循构造产状的基础上将建模区域划分成不同建模区块；利用块内地质知识驱动与地质要素推理建立各个建模区块的三维地质体结构模型，完成省域级1：50万海拔‑2500米以浅的三维地质体格架建模；结合三维地质体属性建模，将属性模型与格架模型耦合，形成格架与属性一体化的三维地质体模型实现省域级超深、超大规模地质体建模。