本发明公开了一种三维地质体概率模型建模方法，其特征是：搜集真实地质钻孔地层信息，对钻孔高程范围做区间划分；获取钻孔的地层序列状态序列，得到真实钻孔的地层变化规律；建立地层厚度的概率模型，通过随机模拟生成虚拟钻孔；建立三维地质体的总体概率模型；根据验证钻孔确定地层分界点和地层剖面线概率；根据最可能地层剖面线获取虚拟钻孔，生成三维地质体最大概率模型。本发明基于概率分析和随机模拟的方法构建的三维地质体概率模型，兼顾了建模过程中地层剖面线确定的随机性和多种可能性，能提高三维地质建模的准确性，可信度高。