本发明公开了一种食品超声耦合酶解冷冻干燥制备系统。其包括原料筛选装置，清洗装置，隧道多级烘干装置，多段循环磨浆装置，配料装置，多段式高压均质装置，多层同步真空冻干装置，冻干粉储存分装装置。原料筛选装置通过同步输送机与清洗装置连接，清洗装置的出料端通过滤水槽与隧道多级烘干装置连接，隧道多级烘干装置通过储料桶与多段循环磨浆装置连接。本发明的有益效果是：本发明从原料筛选到制备完成整个过程都采用自动化设备生产进行加工制备，采用合理衔接组合形成一套完整的冻干制品制备系统，能适配多种冻干食品自动化的生产，能够加工制备出具有高营养价值、风味独特、冲调性佳且无防腐剂的卫生安全可靠的冻干食品。