本发明公开了一种制药设备软停机的控制方法，应用于配置UPS电池组的制药设备中，包括：市电正常时的停机过程为：切断设备市电，由UPS电池组供电并发送停机信号至控制器，控制器保存各项参数及运行数据并发送关机指令至工控机；工控机关闭上位机软件，当上位机正常关机后，控制器再发送关机信号至UPS电池组以停止供电；市电异常时的停机过程为：当市电异常时，自动切换成由UPS电池组供电并发送市电异常信号至控制器；控制器进行停机报警并设定关机条件；若达到关机条件时市电未恢复，上位机将执行关闭软件关机流程，当上位机关机完成并延时一段时间后，UPS电池组自动停止供电。本发明具有实现设备软停机、保障数据安全等优点。