本发明提供了一种乳腺钼靶病灶检测方法及系统，所述方法包括获取历史钼靶影像数据，对所述历史钼靶影像数据进行钼靶标注；将影像按照窗值选取若干窗口，并将选取的窗口进行归一化处理，作为训练模型的输入；对输入的无标注的影像数据集进行无监督训练，得到中间表示状态，对输入的有标注的影像数据集训练，调节所述中间表示状态的信息，得到训练模型；将待检测钼靶影像数据进行归一化处理后输入所述训练模型，得到钼靶病灶的检测结果。本发明使用大量临床数据进行训练，得到预测模型，用于对乳腺钼靶病灶进行检测分析，得到各种病灶的详细检测结果，能够快速准确的对钼靶中病灶进行检测，诊断更加专业、快速。