本发明公开了一种基于联邦式挖掘的主诊断与主手术匹配检测方法和系统，包括：在各医疗机构端基于手术频次和诊断频次进行手术类项目和诊断类项目交叉组合的挖掘，并上传挖掘结果相关数据至中心节点端；在中心节点端对挖掘结果相关数据进行支持度、置信度以及提升度的分析，并依据分析结果从挖掘结果相关数据中筛选主诊断与主手术的匹配规则对构建规则数据库；应用时，利用规则数据库中的匹配规则对进行主诊断与主手术的临床匹配性检测。该方法和系统通过高效、安全而又合规地使用多家医疗机构的海量病案首页数据进行关联规则的挖掘与发现，进而自动检测病案首页中主诊断与主手术的临床匹配性。