本发明公开了一种基于集成多组学分析预测QTL内候选基因的方法和系统，所述方法包括：选取母本和父本，将所述母本和父本杂交获得F1代，单粒传种构建出重组自交系RILs；将所述重组自交系RILs进行测序并构建遗传图谱，并进行QTL分析，获得QTL区间及QTLs区间位置信息；于公开数据库搜集目标性状相关的已知基因，并与所述QTLs区间位置信息进行比较，获得候选基因；将所述候选基因与父母本蛋白序列库进行比对，获得存在差异的基因；后基因分型，获取各分型群对应的性状并进行检验；对所述存在差异的基因进行公共表达数据库佐证和转基因验证，获得QTL内候选基因。该方法集成多组学分析方法能有效锁定候选基因，操作便捷。