本发明提供了一种甘草黄酮提取物的制备方法及应用；包括：步骤1，向甘草或甘草渣药材中加入溶剂，提取；步骤2，过滤得到浓缩液；步骤3，加入碱性水溶液搅拌溶解，静置，过滤得到碱性溶液；步骤4，在碱性溶液中加入酸性溶液，调节pH值，析出固体。所述甘草黄酮提取物对于氨水加饥饱失常刺激大鼠功能性消化不良模型有明显降低胃液酸度，减少胃酸分泌的作用；对于硫酸阿托品致小鼠胃动力不足的功能性消化不良餐后不适模型有提升胃动力，能明显降低硫酸阿托品致胃动力不足小鼠胃内残留率，提升胃动力不足小鼠的胃动力。本发明所用原料是从甘草或甘草废渣提取制备，属于循环经济，大大提高甘草利用率及产品附加值，具有广泛的应用前景。